Naruto Shippuden: Historia

Passando por 2 anos e meio treinando árduamente com o ninja lendário Jiraya, Naruto Uzumaki, agora com 15 anos, regressa à vila de Konoha, sua terra natal, preparado para enfrentar os seus caçadores, a organização Akatsuki de ninjas renegados e para salvar o seu amigo Sasuke Uchiha das mãos de Orochimaru.
Junto a ele estão os restantes membros da sua velha equipe, Kakashi Hatake, seu antigo mestre e Sakura Haruno discípula da Quinta Hokage, Tsunade que desenvolveu capacidades médicas extraordinárias, além de uma força sobre-humana e determinação ainda maiores. 
Depois se juntarão à equipe Tenzo também conhecido por Yamato, um membro de elite da força ANBU, companheiro mais novo de Kakashi e com habilidades identicas às do primeiro Hokage, e Sai um jovem ANBU pertencente a uma facção militarista de Konoha, que aparentemente não possui emoções.

Akatsuki, a organização terrorista tem como objetivo especifico, obter o poder dos 9 seres sagrados com caudas, que são consideradas pelos ninjas como armas supremas, fornecendo uma fonte infinita de chakra. 
Os seus nove membros tentarão capturar as pessoas que possuem esses seres escondidos, não escolhendo a meios para conseguir os seus fins. 
Naruto e Gaara, agora Kazekage, possuem respectivamente Kyuubi, a raposa das 9 caudas, e Shukaku o tanuki de 1 cauda.